Obec Ctiměřice se nachází na území okresu Mladá Boleslav a náleží pod Středočeský kraj. Příslušnou obcí s rozšířenou působností je rovněž okresní město Mladá Boleslav. Obec Ctiměřice se rozkládá asi osm kilometrů jihovýchodně od Mladé Boleslavi. Dle turistického členění Ministerstva pro místní rozvoj patří do regionu Polabí.

Obec Ctiměřice leží v průměrné výšce 275 metrů nad mořem. Celková katastrání plocha obce je 166 ha, z toho orná půda zabírá osmdesáttři procent.